Jedním z prvků, které mají významný potenciál budovat či posilovat ústavní kulturu v dětských domovech, výchovných ústavech a dalších dětských pobytových zařízeních tohoto typu, je organizace jejich provozu. Podoba organizace chodu zařízení je úzce spjata s jeho personálními a prostorovými kapacitami. Markantní rozdíl tak bude například v organizaci rodinné skupiny sestávající ze čtyř nebo pěti dětí, která žije v samostatném bytě, a organizací osmičlenné rodinné skupiny, která sídlí ve velkokapacitním zařízení, ve kterém se nachází ještě další dvě nebo tři takové skupiny a společně sdílí jednu budovu, jídelnu a venkovní areál.
Hromadná organizace
S rostoucí kapacitou zařízení přirozeně vyvstává potřeba organizovat větší počet dětí na jednom místě v jeden čas. Tato hromadná organizace často neumožňuje flexibilně reagovat na aktuální potřeby a prožívání jednotlivých dětí. Fungování zařízení se takřka vždy řídí podle celku. Na individuální odchylky není při běžném provozu příliš prostor.
V praxi to vypadá tak, že děti jsou obvykle buzeny ve stejnou dobu. Začátek každého dne má přesně stanovenou strukturu a postup tak, aby všechny děti stihly ranní hygienu a snídani. Na žádné individuální rituály není čas. Děti jsou organizovány tak, aby se v koupelnách a toaletách všechny vystřídaly. Snídaně jsou většinou nachystané, aby děti neztrácely čas jejich přípravou. V tom lepším případě děti snídají v prostorách rodinné skupiny, jindy si snídani postupně vyzvedávají z výdejního okénka a hromadně konzumují ve společné jídelně. Následuje přesun do školy. Děti z dětských domovů se školou, výchovných a diagnostických ústavů převážně navštěvují školy, které jsou zřizovány při zařízeních a mnohdy sídlí v totožné budově, případně v jednom areálu. Děti se do nich přesouvají po skupinách za doprovodu personálu tak, že obvykle pouze přejdou do jiného patra nebo přes venkovní dvůr.
Také zbytek denního programu děti převážně absolvují v zařízeních. Ačkoli se některá zařízení snaží děti přihlašovat do kroužků a aktivit pořádaných v okolí, často naráží na organizační a provozní překážky. Už jen rodina se dvěma dětmi může mít problém skloubit všechny volnočasové aktivity dětí s běžným provozem. V rodinných skupinách bývá dětí až osm. Zajistit logistiku, vybavení nebo pomůcky, svačinu, příspěvky (nemluvě o případných utkáních v případě sportovních kroužků nebo koncertů, představení či výstav v případě kulturních zájmů) je z tohoto pohledu takřka nemožné.
Denní programy organizují vychovatelé s cílem děti zabavit a ideálně u toho rozvíjet jejich schopnosti a dovednosti. Nabídka bývá různě bohatá, ale účast dětí je vždy povinná. Tím se dostáváme k dalšímu problému, který spočívá v tom, že děti mají po opuštění zařízení problémy s organizací vlastního času. V zařízeních jsou jim neustále nabízeny nějaké aktivity, děti se mohou pouze nechat vést a být jejich pasivními příjemci. Díry v programu bývají vedením zařízení vnímány jako nečinnost vychovatelského personálu. Přitom i nicnedělání a nuda je velice podstatnou součástí normálního vývoje člověka. Přehnanou starostí o program se dětem bere možnost naučit se strategie, jak s nudou a volným časem naložit. Tyto strategie jsou přitom vysoce individuální. Stačí se podívat, jak se lišíme ve způsobech nakládání s volným časem od lidí z našeho okolí.
Další nevhodný aspekt snahy organizovat veškerý volný čas dětí můžeme vidět v náročnosti realizace. Právě kvůli náročnosti zorganizovat program sahá často personál při tvorbě denních programů k „ozkoušeným“ aktivitám, k činnostem, které si zvolí většina, případně k těm, kterým se sám rád věnuje. Například v jednom navštíveném zařízení byla velká část organizovaných aktivit sportovního rázu. Některé z dětí uvedly, že by se radši věnovaly jiným aktivitám, například kreativním či hudebním, ale protože většina dětí si odhlasuje sport, musí se jej povinně účastnit i ostatní. V případě několika dalších zařízení pak děti každý den prováděly úklidové práce, včetně vytírání a vysávání ploch, utírání prachu apod. O víkendech pak následoval generální úklid, kdy se mimo každodenní rutinu přerovnávaly a uklízely všechny poličky skříní a uklízely se i prostory za nábytkem. Jednalo se vlastně o „úklidy pro úklidy“, jejichž smysl dětem unikal a braly jej jako zbytečné pedantství ze strany personálu.
Ať už se aktivity organizované zařízením odehrávají v jeho budově, venkovním areálu, nebo i mimo ně, děti při nich tráví čas výhradně s dětmi ze zařízení. Neustále se tedy pohybují v jakési „ústavní bublině“ a nemají příliš možností navázat vztahy s dětmi z okolí. Přitom právě vrstevnické vztahy mají obrovský potenciál k tomu, aby jejich prostřednictvím děti poznaly fungování běžných rodin, vztahy mezi dětmi a jejich rodiči, sourozenci, spolužáky, jejich role atp.
Velice častými argumenty obhajující striktní organizaci téměř veškerého času dětí v zařízeních je poukazování na skutečnost, že děti neumí trávit volný čas, nevyužívají možností jít na samostatnou vycházku, a když už na ni jdou, tráví ji samotné na okolních lavičkách se sluchátky v uších. Vše má však logické vysvětlení. Děti samostatných vycházek nevyužívají především proto, že je nemají s kým trávit, neboť nemají navázány vazby k žádným vrstevníkům z okolí. V případech, kdy jsou zařízení umístěna v menších obcích nebo odlehlejších částech měst, mají děti velmi omezené možnosti jak vycházku trávit nebo co v jejím průběhu navštívit. Děti pak v těchto situacích využívají samostatné vycházky spíše k tomu, aby unikly provoznímu hluku a dění, které je v zařízeních neustále obklopuje. Byť se na první pohled může zdát, že prosedět samostatnou vycházku na lavičce se sluchátky v uších je bezúčelné zabíjení času, z hlediska psychohygieny dítěte se může jednat o velice efektivní nástroj.